直接添加法
在饲料原有配方中直接加入酶制剂，以提高饲料品质，改善饲喂效果。这种方法适用于原日粮营养水平低或养殖行情好，客户对饲料价格不敏感，需要使用高档料来提高动物生长性能，缩短出栏时间，这种方法能将酶制剂对饲料品质的提高以量的形式进行表达。
配方参数调整法
降低动物的营养标准，按降低后的参数进行配方调整，从而起到降低成本的作用。这是目前在使用酶制剂时，配方师为发挥酶制剂的作用经常使用的一种方法，操作简单方便，但此方法是加酶饲料本身并未能直接降低动物实际的营养需求，而是将酶制剂与动物的营养需求联系在一起，仅仅是数值发生了相对变化。
原料替换法
将在日粮中添加的酶制剂作为一种含有能量、蛋白、氨基酸及矿物元素的原料，参与饲料配方设计调整。此种方法优点是真正从概念上将酶制剂赋予了潜在营养价值，且在饲料配方制作时将酶制剂的潜在营养价值参与配方计算。但不足之处在于酶的潜在营养价值不是固定值，而是受配方中使用其它原料的品种和比例影响，当其它原料变化时，酶的潜在营养价值理论上也应该是变化的值。同时，配方时酶制剂的使用量往往要求是一个固定值，而并非是一种使用比例可变的原料，一旦饲料中酶的添加量发生变化后，即使饲料中其它原料种类和比例都已经确定，赋予酶本身的潜在营养价值也发生了改变。
养分折算法
确定出饲料中加酶后对各种原料的养分利用率的提高值，将此提高值折算成该原料含有的营养，在原料成本不变的情况下，按提高了营养值的原料进行配方设计。理论上这种方法更加科学合理，能准确表达加酶后使饲料原料的养分利用率提高，并将提高的养分值以额外方式加到原料的营养成分值中，并按加酶后营养值提高这一理论逻辑原理进行配方配制，精准表达出加酶饲料的效果。
